光學(xué)顯微鏡和電子顯微鏡在原理上存在顯著的不同，這主要體現(xiàn)在它們的照明源、透鏡、成像原理以及樣品制備方式上。

光學(xué)顯微鏡的工作原理主要基于光的折射、反射和干涉現(xiàn)象。當(dāng)光線通過物鏡與待觀察物體接觸時，會發(fā)生側(cè)向散射。這些散射光線經(jīng)過物鏡的光學(xué)路徑，折射和反射，最終匯集到焦平面上形成明亮的像。這個像再由目鏡放大，供觀察者觀察。光學(xué)顯微鏡的照明源是可見光，其物鏡是由玻璃磨制而成的光學(xué)透鏡。在成像原理上，光學(xué)顯微鏡中樣品的物像以亮度差呈現(xiàn)，這是由于被檢樣品的不同結(jié)構(gòu)吸引光線多少的不同所造成的。

而電子顯微鏡則使用電子槍產(chǎn)生的電子流作為照明源，其波長遠(yuǎn)短于光波波長，因此電子顯微鏡的放大及分辨率顯著地高于光學(xué)顯微鏡。在電子顯微鏡中，電子束進(jìn)入樣品后，會與樣品原子或分子相互作用，并發(fā)生不同的散射、折射、吸收等現(xiàn)象，從而獲得圖像信息。電子顯微鏡的物鏡是電磁透鏡，其成像原理是基于電子束在樣品中的散射情況。由于樣品的不同部位對電子有不同的散射度，因此樣品電子像以濃淡呈現(xiàn)。此外，電子顯微鏡觀察所用組織細(xì)胞標(biāo)本的制備程序較復(fù)雜，技術(shù)難度和費(fèi)用都較高。

總的來說，光學(xué)顯微鏡和電子顯微鏡在原理上的主要區(qū)別在于它們使用的照明源、透鏡類型、成像方式以及樣品制備的復(fù)雜性。這些差異使得它們在科學(xué)研究和技術(shù)應(yīng)用中各自具有的優(yōu)勢和適用范圍。